Le 20 mai 2008, il est remplacé par l’ancien ministre des Mines Dr Ahmed Tidiane Souaré. Au premier tour de la présidentielle du 27 juin 2010, il se porte candidat du Parti de l’espoir pour le développement national (PEDN) et obtient 7,04 %.
Kouyaté prête main forte au candidat Alpha Condé (18,25 %) arrivé deuxième derrière Cellou Dalein Diallo (43,69 %), puis devient le vice-président de l’alliance RPG Arc-en-ciel vainqueur du second tour organisé le 10 novembre 2010 avec 52,52% des suffrages.
De Paris où il réside depuis son clash avec les gros bonnets du parti au pouvoir qui l’ont poussé à démissionner, Lansana Kouyaté prévient que sur le plan politique «les manœuvres ont commencé pour ouvrir la voie d’un 3e mandat» au président Alpha Condé.
